En el siglo XIII se mienta a Fontecha con el mismo nombre que lo toma la fuente que todavia se nombra igual y que posiblemente dio origen al asentamiento,significado "fuente escondida".​

Pero el apelatico de ese lugar ha dado origen auna serie de variadas elucubraciones etimológicas más.Se ha llegado asegurar que Fontecha era el emplazamiento de la mítica"laguna de los doce segures", y hasta el sitio donde el emperdor Augusto, que en una visita que realizo al campo de operaciones de las guerras cantabras,salvó la vida casi milagrosamente ,como consecuencia de un rayo que mató a uno de los siervos que le acompañaban; razon por la cual y en agradecimiento, mando edificar en Roma el templo dedicado a Júpiter Tonante.